紫外线杀菌工艺在具有诸多优势的同时也有缺点，最主要的缺点是没有维持管网持续消毒的能力。欧洲和北美使用紫外线消毒技术存在一定的差别。在欧洲的荷兰、奥地利和德国等地的一些水厂，饮用水紫外线杀菌器工消毒后直接进入供水管网，据统计，荷兰大部分水厂单独使用紫外线消毒，且管网末梢没有余氯。究其原因，欧洲的管网状况较好，管网系统相对较小，水中可生物同化有机碳较低，为了避免余氯在管网中产生消毒副产物，常单独采用紫外线消毒。另外一个原因是这些欧洲国家通常在纬度较高地区，水温常年较低，管网中微生物再生长能力弱。而北美的饮用水相关法规规定在自来水中必须存在一定量的余氯，用来控制管网的二次污染问题。我国的情况与美国更相似。根据清华大学的研究成果，在生物可同化有机碳（AOC）低于20μg/L时紫外线后可以不加氯，AOC在50μg/L以上时需维持余氯在0．3mg/L以上。国内采用地表水源的市政供水系统由于水中有机物含量比较高，因此紫外线需要与氯和氯胺组合使用以保证管网水质的微生物安全性。但采用地下水的村镇小规模供水系统则完全可能只采用紫外线消毒，特别是北方水温较低地区，前提是设计和设备一定要合格。十一五科技支撑计划的研究成果也完全证明了这一点。